Tècniques Òmiques

Esteu aquí

Inici » Estudis » Graus » Grau en Bioinformàtica » Pla d'estudis » Assignatures » Tècniques Òmiques
Crèdits
6
Tipus
Obligatòria
Requisits
Aquesta assignatura no té requisits, però té capacitats prèvies
Departament
UAB
L'objectiu d'aquesta assignatura és proporcionar una visió bàsica de l'aplicació de les Tècniques Òmiques en diferents camps amb la descripció d'exemples pràctics. Entre els diferents temes que s'impartiran destaquen els avenços recents en seqüenciació, epigenòmica, metagenòmica, genòmica unicel·lular, tecnologies transcriptòmiques avançades o proteòmica. Es donarà la màxima prioritat a l'aplicació dels temes introduïts a les classes magistrals en diferents àrees científiques, proporcionant una formació bàsica en un ampli ventall de tècniques òmiques. Donada la importància actual d'aquest àmbit, molt dinàmic i en permanent canvi, l'abast i els continguts del curs seran objecte d'actualitzacions periòdiques.

Professorat

Responsable

  • Jaime Martinez Urtaza ( )

Hores setmanals

Teoria
2
Problemes
2
Laboratori
0
Aprenentatge dirigit
0
Aprenentatge autònom
6

Objectius

  1. Adquisició de coneixements específics per aplicar les diferents tecnologies i estratègies per generar dades de seqüenciació (ADN i ARN)
    Competències relacionades: K1, K7, S1, S2, C2, C3,
  2. Aplicació de dades genòmiques, transcriptòmics i proteòmiques en diferents contextos per resoldre problemes biològics
    Competències relacionades: K1, K2, K3, K7, S2, S3, S7, S8, C2, C4,
  3. Conèixer els mètodes experimentals i computacionals de la genòmica, la transcriptòmics i la proteòmica
    Competències relacionades: K1, K2, K3, K7, S1, S2, S3, S5, C2, C4,

Continguts

  1. Tècniques de seqüenciació
    Generació de dades de seqüenciació. Seqüenciació Sanger. Tècniques de seqüenciació de 2a i 3a generació (Illumina, Oxford-Nanopore, PacBio).
  2. Applicacions del DNA-seq
    Seqüenciació i processament de dades de seqüenciació d'ADN: seqüenciació del genoma, reseqüenciació i crida de variants.
  3. Metagenòmica i microbioma
    Aplicacions de l'anàlisi metagenòmica i del microbioma; "pipelines" i anàlisi de dades per estudiar entorns naturals i salut.
  4. Seqüenciació d'ARN i anàlisi de dades de ARN-seq.
    Anàlisi de dades de RNA-seq per comprendre l'expressió gènica i les seves variacions en diferents condicions: control de qualitat, alineació de lectures, quantificació i anàlisi d'expressió diferencial.
  5. Aplicacions de RNA-seq
    Expressió gènica i anotació de variants d'splicing, metatranscriptòmica. Aplicacions en diferents camps: diagnòstic de malalties, descobriment de fàrmacs i genòmica funcional.
  6. Epigenòmica i epigenètica
    Epigenòmica i modificacions epigenètiques del material genètic: processament de dades i anàlisis per a la metilació diferencial de l'ADN.
  7. Hi-C per a l'organització del genoma en 3D.
    L'estudi de l'estructura tridimensional dels genomes per entendre com l'organització espacial de l'ADN influeix en l'expressió gènica i altres processos cel·lulars.Protocols Hi-C i processament general de dades Hi-C.
  8. Genómica de cèl·lules individuals.
    Estudi del material genètic (genoma, transcriptoma) de cèl·lules individuals: aplicacions i anàlisi.
  9. Proteòmica.
    Fonaments metodològics de les tècniques per estudiar la composició de proteïnes (proteoma) dins d'una cèl·lula o organisme. Es posarà especial èmfasi en les tecnologies desenvolupades per a la identificació de proteïnes, incloent-hi l'espectrometria de masses i la tecnologia DIGE, i les seves aplicacions en biomedicina.

Activitats

Activitat Acte avaluatiu




Metodologia docent

- Classes teòriques. Les classes magistrals abordaran els conceptes principals que hi ha darrere dels diferents temes. Consistiran en classes magistrals basades en preguntes que promouran una participació activa de tots els estudiants en la discussió dels diferents temes/situacions/problemes/casos que es presentaran.

- Pràctiques. Tutories pràctiques basades en problemes. Promouran tant l'autoestudi com les estratègies d'aprenentatge en equip. Si us plau, porteu els vostres ordinadors portàtils a classe.

Mètode d'avaluació

L'assoliment dels objectius d'aprenentatge del curs s'avaluarà de la següent manera:

- Avaluació contínua (40%): pot incloure proves de preguntes combinades de tipus test i/o de resposta curta per recapitular els continguts treballats a cada unitat, deures, exercicis de programació, activitats en grup proposades a classe, etc.

- L'examen (60%) consisteix en 2 exàmens parcials teoricopràctics que es fan a mig trimestre (30%) i al final del trimestre (30%).

En general, per completar aquest curs amb èxit, l'estudiant ha d'obtenir una nota final mínima de 5 punts (sobre 10).

Examen de recuperació: només els estudiants que després de l'avaluació regular no hagin aprovat el curs poden fer un examen de reavaluació. La nota obtinguda a l'examen de recuperació substituirà la nota regular suspesa obtinguda durant el trimestre.

Bibliografia

Bàsica:

Web links

Capacitats prèvies

NA