
El 1986 esdevé fundadora i CEO de Hamilton Technologies, Inc. La companyia es va desenvolupar al voltant del Llenguatge Universal de Sistemes basat en el seu paradigma de "Desenvolupament Abans del Fet" (
DBTF de l'anglès Development Before the Fact) per a sistemes de disseny de software.
Margaret Hamilton va ser una pionera de l’enginyeria del software, la primera a donar aquest nom a la disciplina i a reclamar el seu reconeixement. Com a tal pionera, la feina del seu equip al projecte Apol·lo, va encetar alguns dels conceptes seminals que després s'han consolidat a l'enginyeria del software de sistemes informàtics crítics, com ara la tolerància a fallades, el disseny optimitzat d'interfícies, les arquitectures obertes de sistemes software i l'anàlisi i modelització de sistemes i processos, entre d'altres.
La seves contribucions científiques i tècniques l’han fet mereixedora d’importants premis, com l’Augusta Ada Lovelace (1986), concedit per l’Association for Women in Technology a les dones que han fet destacades contribucions en el camp de la informàtica; el NASA Exceptional Space Act Award (2003) per les seves aportacions a la missió de l’Apol·lo 11; i la Presidential Medal of Freedom, el més alt guardó que es pot concedir a un civil als Estats Units d’Amèrica (2016).